К 2000 году модель Yamaha R1 претерпевает свой первый рестайлинг. Несмотря на то, что визуальных изменений практически не было, модель существенно отличалась от прошлого поколения. Снаряженная масса снизилась на 4 кг, выхлопная система стала титановой, улучшилась аэродинамика (на 3%), изменилась форма лобового стекла (для лучшей ветрозащиты пилота), топливный бак получил более удобные выемки для ног, изменилось сиденье и положение подножек (для смещения развесовки вперед), изменился двигатель и трансмиссия: распредвалы получили дополнительные масляные каналы, уменьшились зазоры толкателя (все это привело к снижению трения и шумности двигателя), КПП получила полностью переработанную систему переключения (решилась проблема с КПП, присущая ранним версиям R1).